Rとbioconductorのアップデート

Bioconductor(R)のヒトアノテーションライブラリである"org.Hs.eg.db"。
GeneSymbolや遺伝子IDのリストからアノテーション解析を
したいときもたまにある。そこで今回目をつけたのがこのライブラリ。
ちなみにヒト以外にもマウス用のorg.Mm.eg.dbやその他の生物
のアノテーションライブラリもあるらしい。
使ってみたいのでインストールしてみることに

　> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
　> biocLite("org.Hs.eg.db")
　Running biocinstall version 1.9.9 with R version 2.4.1
　Your version of R requires version 1.9 of Bioconductor.
　dependency '‘org.Hs.eg.db’' is not available

Rのバージョンが古いらしくうまくインストールできない(ToT)
あまりやりたくはなかったが、Rのアップデートを試みることに。
っていろいろ調べてはみたがRにはパッケージのupdateコマンドは
あるのにRそのもののupdateコマンドがない。(>_<)
そこでR本家(http://cran.md.tsukuba.ac.jp/)から最新バージョン
「R-2.7.2.tar.gz」のRをダウンロードして
再インストールを試みることに,tarを展開して

　[userA@machine ~]$ cd R-2.7.2/
　[userA@machine ~/R-2.7.2]$ ls
　COPYING Makeconf.in ONEWS SVN-REVISION configure etc share tools
　ChangeLog Makefile.in OONEWS VERSION configure.ac m4 src
　INSTALL NEWS README config.site doc po tests
　[user@machine ~/R-2.7.2]$ su
　Password:
　[root@machine]/home/user/R-2.7.2# ./configure
　[root@machine]/home/user/R-2.7.2# make
　[root@machine]/home/user/R-2.7.2# make install

ルートから出てもう一度Rを起動してみると

[user@machine]$ R

　R version 2.7.2 (2008-08-25)
　Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
　ISBN 3-900051-07-0

　>

最新バージョンにアップデート完了(^o^)v
なのでもう一度rootになってorg.Hs.eg.dbをインストールすることに

　> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
　> biocLite("org.Hs.eg.db")

成功(^o^)v。ついでにbioconductorのアップデートもしてみると

　> update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)

ちょっと長かったけど、見事に成功(ToT)v