Rgraphvizインストール奮闘記

Rgraphviz インストール

1.ネットワーク作成には以下のライブラリが必要（たぶん）

  • graph
  • Rgraphviz
  • RBGL

ではこれらをbiocLite()でインストール。

>biocLite("graph")
>biocLite("RBGL")
>biocLite("Rgraphviz")

なぜかRgraphvizのみ失敗する。
（エラー内容は忘れた。。。）

2.バイオコンダクターのサイトを見てみると
Rgraphvizにはgraphvizをインストールしておく
必要がある。
RgraphvizがRとgraphvizのインターフェイスと
いうことを考えればあたりまえか。。。
他のサイト等で調べてみると
最新versionのgraphvizだとpkg-config
も必要らしい。
そこで

  • pkg-config-0.22.tar.gz
  • graphviz-2.12.tar.gz

これらソースファイルを各サイトからダウンロードし、

$tar zxvf (.tar.gz filename)
$./configure
$make
$make install

☆versionによってはyaccを要求してくるので
bison2.3.tar.gz
も同様にインストール

$tar zxvf bison2.3.tar.gz
$cd bison2.3
$./configure
$make
$make install

4.bioconductorのインストールをした
Rディレクトリにいって
環境変数PKG_CONFIG_PATHを設定

$setenv PKG_CONFIG_PATH /usr/local/lib/pkgconfig

に設定し、
Rを起動。

>biocLite("Rgraphviz")

インストールでけた(^o^)/。

5.ではライブラリを読み込んでみましょ。

>libray(Rgraphviz)
要求されたパッケージ graph をロード中です
要求されたパッケージ geneplotter をロード中です
要求されたパッケージ annotate をロード中です
要求されたパッケージ Biobase をロード中です
要求されたパッケージ tools をロード中です

Welcome to Bioconductor

Vignettes contain introductory material. To view, type
'openVignette()' or start with 'help(Biobase)'. For details
on reading vignettes, see the openVignette help page.

KernSmooth 2.22 installed
Copyright M. P. Wand 1997
以下にエラーdyn.load(x, as.logical(local), as.logical(now)) :
共有ライブラリ '/usr/local/lib64/R/library/Rgraphviz/libs/Rgraphviz.so' を読み込めません
libgvc.so.3: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません
エラー：.onLoad は 'Rgraphviz' のための 'loadNamespace' に失敗しました
エラー：'Rgraphviz' に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

エラーが出てしまった(ToT)
まだ何か必要なものがあるようだ。

6.またbioconductorのサイトに見てみると
graphvizのdevelop versionもいるのかな？
そこで

をダウンロード・インストール。

$tar zxvf graphviz-2.13.20070726.1835.tar.gz
$cd graphviz-2.13.20070726.1835
$./configure
$make
$make install

7.もう一度さっきのRディレクトリ内で
Rを起動して

>libray(Rgraphviz)
要求されたパッケージ graph をロード中です
要求されたパッケージ geneplotter をロード中です
要求されたパッケージ annotate をロード中です
要求されたパッケージ Biobase をロード中です
要求されたパッケージ tools をロード中です

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'openVignette()' or start with 'help(Biobase)'. For details
on reading vignettes, see the openVignette help page.

KernSmooth 2.22 installed
Copyright M. P. Wand 1997
以下にエラーdyn.load(x, as.logical(local), as.logical(now)) :
共有ライブラリ '/usr/local/lib64/R/library/Rgraphviz/libs/Rgraphviz.so' を読み込めません
libgvc.so.3: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません
エラー：.onLoad は 'Rgraphviz' のための 'loadNamespace' に失敗しました
エラー：'Rgraphviz' に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

・・・さっきと同じエラー。
だんだん迷宮入りしてきたぞ。。。

8.よくわからん。もう少し調べてみると
環境変数LD_LIBRARY_PATHのパスが必要なようだ。
libgvc.so.3のあるディレクトリのパスをこの環境変数に
設定。

$setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib

そして

> library("Rgraphviz")
要求されたパッケージ graph をロード中です
要求されたパッケージ geneplotter をロード中です
要求されたパッケージ annotate をロード中です
要求されたパッケージ Biobase をロード中です
要求されたパッケージ tools をロード中です

Welcome to Bioconductor

Vignettes contain introductory material. To view, type
'openVignette()' or start with 'help(Biobase)'. For details
on reading vignettes, see the openVignette help page.

KernSmooth 2.22 installed
Copyright M. P. Wand 1997
> graphvizVersion()
[1] "2.12"

成功v(^_^)V