Rgraphvizインストール奮闘記２
昨日はRgraphvizをインストールが、
問題発生。。。
"dot"でプロットするとうまくいくのだが
"neato"でプロットするとうまくいかない。
> plot(samp_graph, "dot")
> plot(samp_graph, "twopi")
Error: libag error -- aginit() was not called*** caught segfault ***
address 0x20, cause 'memory not mapped'Traceback:
1: .Call("Rgraphviz_doLayout", graph, as.integer(type), PACKAGE = "Rgraphviz")
2: layoutGraph(g)
3: agopen(x, name = name, layout = TRUE, layoutType = y, attrs = attrs, nodeAttrs = nodeAttrs, edgeAttrs = edgeAttrs, subGList = subGList, recipEdges = recipEdges)
4: .local(x, y, ...)
5: plot(samp_graph, "twopi")
6: plot(samp_graph, "twopi")Possible actions:
1: abort (with core dump)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection: 1
aborting ...
セグメントエラー
わけがわからなくなったので、
またもう一度はじめからやり直すことに。
1.まずRgraphvizの削除
> remove.packages("Rgraphviz")
remove.packages("Rgraphviz") 中で警告がありました：argument 'lib' is missing: using /usr/local/lib64/R/library
> installed.packages()
2.なんか嫌なコメントが出たけど。。。
そしてもう一度インストール
> biocLite("Rgraphviz")
Running biocinstall version 1.9.9 with R version 2.4.1
Your version of R requires version 1.9 of Bioconductor.
URL 'http://bioconductor.org/packages/1.9/bioc/src/contrib/Rgraphviz_1.12.3.tar.gz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1504829 bytes
開かれた URL
==================================================
downloaded 1469KbInstalling *source* package 'Rgraphviz' ...
checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config
configure: Found graphviz 2.13.20070726.1835
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I/usr/local/lib64/R/include -I/usr/local/include/graphviz -DGRAPHVIZ_MAJOR=2 -DGRAPHVIZ_MINOR=13 -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c Rgraphviz.c -o Rgraphviz.o
/usr/local/include/graphviz/gvc.h:20 から include されたファイル中,
common.h:38 から,
Rgraphviz.c:1 から:
/usr/local/include/graphviz/types.h:27:1: 警告: "TRUE" redefined
common.h:8 から include されたファイル中,
Rgraphviz.c:1 から:
/usr/local/lib64/R/include/Rdefines.h:148:1: 警告: this is the location of the previous definition
In file included from common.h:42,
from Rgraphviz.c:1:
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:74: error: 文法エラー が "bool" の前にあります
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:74: 警告: struct や union の最後にセミコロンがありません
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:117: error: 文法エラー が "graph_sets_margin" の前にあります
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:117: 警告: `graph_sets_margin' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:117: 警告: `graph_sets_pageSize' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:117: 警告: `graph_sets_rotation' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:117: 警告: データ定義が型や記憶クラスを持っていません
/usr/local/include/graphviz/gvcint.h:134: error: 文法エラー が '}' トークンの前にあります
In file included from common.h:43,
from Rgraphviz.c:1:
/usr/local/include/graphviz/globals.h:68: error: 文法エラー が "Reduce" の前にあります
/usr/local/include/graphviz/globals.h:68: 警告: `Reduce' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/globals.h:68: 警告: `MemTest' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/globals.h:68: 警告: データ定義が型や記憶クラスを持っていません
/usr/local/include/graphviz/globals.h:78: error: 文法エラー が "Concentrate" の前にあります
/usr/local/include/graphviz/globals.h:78: 警告: `Concentrate' の宣言で型がデフォルトの `int' とされました
/usr/local/include/graphviz/globals.h:78: 警告: データ定義が型や記憶クラスを持っていません
Rgraphviz.c: In function `getListElement':
Rgraphviz.c:51: 警告: 関数 `Rf_type2char' の暗黙の宣言
Rgraphviz.c: In function `Rgraphviz_graphvizVersion':
Rgraphviz.c:1042: error: 不完全型のポインタへの間接参照
make: *** [Rgraphviz.o] エラー 1
chmod: cannot access `/usr/local/lib64/R/library/Rgraphviz/libs/*': そのようなファイルやディレクトリはありません
ERROR: compilation failed for package 'Rgraphviz' Removing '/usr/local/lib64/R/library/Rgraphviz'The downloaded packages are in
/tmp/RtmprPUVih/downloaded_packages
Warning message:
installation of package 'Rgraphviz' had non-zero exit status in: install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies,
3.まさかまたインストールができなくなってる。
最悪。。。
まてよなんかgraphviz-2.13を読み込んでるぞ。
なぜがdevelop versionの方を。。。
もうこうなったらgraphvizもpkg-configも
アンインストールしてやり直そう。
$./configure
$make uninstall
確認のために
$dot
dot: コマンドが見つかりません.
$pkg-config --list-all
pkg-config: コマンドが見つかりません.
4.再度やり直して
インストール
graphviz-2.12
pkg-config-0.22
環境変数設定
LD_LIBRARY_PATH = /usr/local/lib
PKG_CONFIG_PATH = /usr/local/lib/pkgconfig
5.Rディレクトリに移動して
Rを起動し、
> biocLite("Rgraphviz")
> library(Rgraphviz)
> plot(samp_graph2)
> plot(samp_graph2, "neato")
やったうまくいった(^o^)/
今度は"neato"でも問題nothing!!!!
