Clustalxの色の設定

マルチプルアラインメントのツールとしてClustalW/ClustalXがある。
両者の違いはグラフィカルインターフェイス版でないかそうであるかの
違いだけらしい。
せっかくなのである類似塩基配列群を使ってアラインメントしてみた。
ソフトウェアはEBIよりダウンロードした。
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

デフォルトのカラーリングも悪くないのだが、少し出力していみると
見栄えがよくなかったので、色の設定を変更してみることに。
http://bioinf.may.ie/EMBO/data/clustalx.pdfを参考に
COLOR PARAMETER FILEを作成し、

@rgbindex
RED 0.9 0.1 0.1
BLUE 0.1 0.1 0.9
GREEN 0.1 0.9 0.1
YELLOW 0.9 0.9 0.0

@consensus
% = 60% w:l:v:i:m:a:f:c:y:h:p
# = 80% w:l:v:i:m:a:f:c:y:h:p
- = 50% e:d
+ = 60% k:r
q = 50% q:e
p = 50% p
n = 50% n
t = 50% t:s

@color
g = RED
p = YELLOW
t = GREEN if t:%:#
n = GREEN if n
w = BLUE if %:#:p
k = RED if +

メニューの「Colors」→「Load Color Parameter File」よりファイルを
ロードすると、あれっエラーが出る。マニュアル通りなのになあ(>_<)
もう一度ファイルロードをしようとしてみるとどうやらXBELフォーマット
しか受け付けなくなっていた。

知らない間に更新されてしまったのかな？
とはいってもXBELフォーマットって何？
http://pyxml.sourceforge.net/topics/xbel/によると

The XML Bookmark Exchange Language, or XBEL, is an Internet "bookmarks" interchange format. It was designed by the Python XML Special Interest Group on the group's mailing list.

どうやらインターネットのブックマークに使われるフォーマットみたい。
説明はわかっても書き方がわからない。なのでもう一度EBIのサイトに行って
Linux版のClustalXをダウンロードした。その中にあるcoldna.xmlを開いてみると

これがXBELフォーマットだ！（ってか普通のXMLじゃん！）
そこでこのファイルをATを強調するようにに設定して

ファイルをロードすると

うまくいった。